擔保合同糾紛在法院處理時，通常會經(jīng)過以下程序：

1. 立案：當一方當事人認為擔保合同發(fā)生糾紛時，可以向法院提起訴訟，法院會對訴訟請求進行立案處理。

2. 質(zhì)證和辯論：雙方當事人會按照法院的要求提供證據(jù)，法院會對證據(jù)進行審查，并組織庭前調(diào)解或庭前表達意見會，雙方可以在此期間提出質(zhì)證和辯論。

3. 審理和判決：法院在審理過程中會重點審查合同內(nèi)容、當事人的行為和相關證據(jù)。法院會依據(jù)法律法規(guī)和司法解釋，綜合考慮雙方當事人的權益，最終做出裁決或判決。

4. 強制執(zhí)行：如果一方當事人不履行判決或裁決，另一方可以向法院申請強制執(zhí)行，法院可以采取多種措施迫使違約方履行判決或裁決。

在處理擔保合同糾紛時，法院會依法公正地審理案件，維護當事人的合法權益，保障合同的正當履行，最終達到糾紛解決的目的。