商鋪或工廠拆遷時，賠償企業(yè)的具體方式可以根據(jù)當?shù)叵嚓P法律法規(guī)進行具體操作。一般情況下，賠償企業(yè)的主要方式有以下幾種：

1. 賠償現(xiàn)金：根據(jù)拆遷的具體情況和企業(yè)給予的評估報告，拆遷方以現(xiàn)金形式向企業(yè)進行賠償，包括拆遷費、臨時搬遷費、搬遷補償費等。

2. 提供新址：如果拆遷方有提供新址的義務，可以同意提供新的場地或工廠，以保證企業(yè)的正常生產(chǎn)經(jīng)營。

3. 兌換股權：有些情況下，可以提供股權兌換的方式進行賠償，以維持企業(yè)在相關行業(yè)中的地位。

4. 給予發(fā)展支持：為了幫助企業(yè)重新落地生根，拆遷方可以提供稅收減免、財政補助、技術支持等政策優(yōu)惠。

需要注意的是，企業(yè)在進行賠償協(xié)商時應保持溝通，并盡量委托專業(yè)的律師或評估機構進行相關評估和協(xié)商，以確保賠償公正合理。同時，確保與相關部門保持良好的溝通和協(xié)調(diào)，以便在拆遷過程中得到合理的賠償。