處理保管合同糾紛的案件通常需要按照以下步驟進行：

1. 收集證據(jù)：首先，收集與案件有關(guān)的所有證據(jù)，包括合同文件、書面郵件和通信記錄等。

2. 協(xié)商解決：雙方可以先嘗試通過協(xié)商的方式解決爭議，可以選擇召開調(diào)解會議或者請第三方作為調(diào)解人進行協(xié)商。

3. 起訴申請：如果協(xié)商無果，當事人可以選擇向法院提起起訴申請。起訴申請需要包括起訴狀和相關(guān)證據(jù)。

4. 審理程序：法院會對案件進行審理，雙方需要提供相關(guān)證據(jù)，并進行辯論。

5. 判決結(jié)果：法院會根據(jù)法律規(guī)定和證據(jù)進行判斷，并做出相應(yīng)的判決結(jié)果。

6. 執(zhí)行階段：如果一方不服判決結(jié)果，可以選擇上訴；如果判決結(jié)果被認可，根據(jù)判決結(jié)果執(zhí)行。

需要注意的是，處理保管合同糾紛的具體辦理案件的步驟會根據(jù)不同的國家和地區(qū)的法律制度和司法實踐有所不同。建議在辦理案件之前咨詢當?shù)貙I(yè)律師，以確保按照當?shù)氐姆沙绦蜻M行操作。