水域承包合同糾紛可以通過(guò)以下步驟進(jìn)行處理：

1. 理清糾紛事實(shí)和證據(jù)：收集相關(guān)合同、支付憑證、書面通信等證據(jù)，了解糾紛的各個(gè)方面，確保對(duì)糾紛事實(shí)有清晰的了解。

2. 協(xié)商解決：可以嘗試與對(duì)方進(jìn)行溝通和協(xié)商，尋找雙方都可接受的解決方案。如果對(duì)方同意，可以通過(guò)修改合同條款、補(bǔ)償?shù)确绞浇鉀Q糾紛。

3. 仲裁或調(diào)解：如果協(xié)商無(wú)法達(dá)成一致，雙方可選擇向相關(guān)機(jī)構(gòu)申請(qǐng)仲裁或調(diào)解。根據(jù)合同中的爭(zhēng)議解決條款，選擇合適的仲裁機(jī)構(gòu)或調(diào)解機(jī)構(gòu)，進(jìn)行糾紛解決。

4. 提起訴訟：如果仲裁或調(diào)解無(wú)法解決糾紛，可以向法院提起訴訟。提供充分的證據(jù)和相關(guān)材料，讓法庭判決糾紛的解決方案。

處理水域承包合同糾紛需要充分了解相關(guān)法律法規(guī)和合同條款，如果不確定如何操作，建議咨詢律師或?qū)I(yè)機(jī)構(gòu)的幫助。