加工合同糾紛的主要責任部門是工商行政管理部門。工商行政管理部門負責監(jiān)管企業(yè)的經(jīng)營活動，包括合同簽訂、履行和糾紛解決等事項。在加工合同糾紛中，工商行政管理部門主要負責以下工作：監(jiān)督和審查加工合同的合法性和合規(guī)性；調(diào)解糾紛雙方的利益沖突；協(xié)調(diào)解決雙方因合同違約而引發(fā)的糾紛；提供法律指導和支持，幫助雙方明確權利和義務；對涉嫌違法行為進行調(diào)查和處理等。此外，加工合同糾紛還可以由工商行政管理部門與相關部門合作，如工會、司法機關等，共同組成調(diào)解和解決糾紛的專門小組，以保障合同各方的合法權益和公平交易。