保理合同是一種金融工具，用于提供資金給企業(yè)以解決短期資金缺口。在保理交易中，企業(yè)將其應(yīng)收賬款出售給一家專門的金融機構(gòu)，以獲得即時的資金。保理合同糾紛是指在保理交易中發(fā)生的爭議或糾紛。

保理合同的合法性在于根據(jù)雙方自愿的意愿和合同的約定來進行交易。只要雙方遵守了合同的內(nèi)容和義務(wù)，并且符合當(dāng)?shù)胤煞ㄒ?guī)的要求，保理合同就是合法有效的。但是，如果發(fā)生合同違約、欺詐等不當(dāng)行為，糾紛就會出現(xiàn)。

當(dāng)發(fā)生保理合同糾紛時，雙方應(yīng)首先考慮解決糾紛的方式和合同中約定的爭議解決機制。如果無法達成一致，可以通過訴訟或仲裁等法律程序來解決糾紛。

因此，保理合同本身是合法的，但在交易過程中可能出現(xiàn)糾紛，需要按照合同約定和法律程序來解決。