農(nóng)村拆遷公司補(bǔ)償商鋪時(shí)一般根據(jù)拆遷政策以及相關(guān)法規(guī)進(jìn)行操作，并向商鋪主進(jìn)行合理的補(bǔ)償，以保障商鋪主的合法權(quán)益。

首先，農(nóng)村拆遷公司在進(jìn)行商鋪拆遷時(shí)需要提前與商鋪主進(jìn)行溝通，了解商鋪主的具體情況，包括商鋪的面積、營業(yè)狀況以及商鋪主的經(jīng)濟(jì)狀況等。

一般情況下，商鋪主可以根據(jù)以下方式進(jìn)行補(bǔ)償：

1.貨幣補(bǔ)償：拆遷公司會(huì)給予商鋪主一定金額的貨幣補(bǔ)償，用于彌補(bǔ)商鋪的經(jīng)營損失以及其他相關(guān)費(fèi)用。補(bǔ)償額度一般根據(jù)商鋪的面積、位置、市場(chǎng)價(jià)值等因素進(jìn)行評(píng)估確定。

2.物業(yè)置換：商鋪主還可以選擇將被拆遷的商鋪與其他物業(yè)進(jìn)行置換，即以相同價(jià)值的其他房屋或資產(chǎn)來補(bǔ)償被拆遷商鋪的損失。物業(yè)置換要符合相關(guān)法規(guī)，需要商鋪主與拆遷公司達(dá)成協(xié)議并辦理相關(guān)手續(xù)。

3.就業(yè)安置：對(duì)于商鋪主而言，商鋪的拆遷可能會(huì)導(dǎo)致失業(yè)的風(fēng)險(xiǎn)，拆遷公司可以提供就業(yè)安置政策，幫助商鋪主找到新的工作或提供一定的創(chuàng)業(yè)支持，以保障商鋪主的經(jīng)濟(jì)收入。

除上述補(bǔ)償方式外，農(nóng)村拆遷公司還應(yīng)當(dāng)盡量提供其他形式的合理補(bǔ)償，例如提供臨時(shí)過渡性安置住房、補(bǔ)償臨時(shí)停業(yè)期間的收入損失、協(xié)助商鋪主搬遷等，以最大程度地保障商鋪主的權(quán)益。

需要注意的是，商鋪主在與拆遷公司進(jìn)行補(bǔ)償協(xié)商時(shí)，應(yīng)保留相關(guān)證據(jù)，例如商鋪的產(chǎn)權(quán)證明、商鋪經(jīng)營收入等文件，以便在協(xié)商過程中能夠提供充分的證據(jù)來支持自己的要求。

總之，農(nóng)村拆遷公司在補(bǔ)償商鋪時(shí)應(yīng)遵循相關(guān)法律法規(guī)，確保商鋪主的合法權(quán)益得到保障，促進(jìn)社會(huì)和諧發(fā)展。