農民違建房屋是指農民在未經批準、違法違規(guī)的情況下擅自在耕地、基本農田或其它不允許建房的土地上建造房屋。這種行為嚴重侵犯了國家土地管理法規(guī)、農田保護政策和城鄉(xiāng)規(guī)劃布局，破壞了農田資源，危害了農村生態(tài)環(huán)境，影響了農民的合法權益。因此，對農民違建房屋需要采取相應的處理措施。

首先，政府部門應該加強監(jiān)管，在發(fā)現(xiàn)農民違建房屋時及時立案，對違法行為進行批評教育和責令改正。對于屢教不改、情節(jié)嚴重的違法行為，可以采取行政處罰措施，如罰款、拆除等。同時，政府還應當加大宣傳力度，通過各種方式向農民普及土地管理法規(guī)和農田保護的重要性，提高農民的法律意識。

其次，政府可以對農民進行合法性認定，對于確有需要的農民可以通過合法渠道進行土地流轉或者購買，讓農民在合法條件下建造房屋。同時，政府也可以提供相應的政策扶持，如提供低息貸款、補貼建房補助等，鼓勵農民進行合法建房。

再次，政府需要完善法規(guī)和準確劃定農田保護紅線，對于嚴重破壞農田資源和生態(tài)環(huán)境的違建行為，要采取強制措施，及時予以拆除和恢復農田功能。

最后，社會各界也應該加強對違建行為的監(jiān)督和舉報。通過輿論監(jiān)督和社會力量的參與，可以增強對農民違建的警示作用，促使農民改變違建的行為。

總之，處理農民違建房屋問題需要政府和社會各界共同努力，加強監(jiān)管和宣傳，完善政策和法規(guī)，同時為農民提供合法的建房渠道和相應的扶持政策，實現(xiàn)農田保護和農民合法權益的雙贏。