拆遷廠房違法建筑的處理需要遵循相關(guān)法律法規(guī)和程序。以下是一般處理方式：

1. 停工查封：一旦發(fā)現(xiàn)違法建筑，城市管理部門可以下達停工查封的決定，暫停違法建筑的施工，并封存現(xiàn)場。停工查封期間，相關(guān)執(zhí)法部門可以對建筑進行勘察、取證等工作。

2. 責令拆除：一旦查實違法建筑，城市管理部門可以依法責令違法建筑的責任人（一般是業(yè)主或承建方）自行拆除，拆除期限一般為規(guī)定的72小時。如果責任人拒絕拆除或拆除不徹底，城市管理部門可以組織強制拆除。

3. 補償協(xié)商：在拆除前，城市管理部門一般會與相關(guān)違法建筑的業(yè)主或承建方進行補償協(xié)商，協(xié)商補償標準和補償方式，以減少糾紛和不和諧因素。

4. 追究責任：對于違法建筑的承建方和業(yè)主，城市管理部門可以追究其法律責任，并根據(jù)情節(jié)嚴重程度采取相應的行政處罰，如罰款、行政拘留等措施。

5. 防止再次違法：拆遷違法建筑后，城市管理部門需要加強對該地區(qū)的監(jiān)管，加強巡查力度，防止再次出現(xiàn)違法建筑。

需要注意的是，處理違法建筑需要綜合考慮各種因素，包括法律法規(guī)、土地利用規(guī)劃、社會穩(wěn)定等，不能隨意拆除，也不能對違法建筑的責任人過于寬容。同時，處理違法建筑也應注重公平和合理的補償安置，避免給相關(guān)方帶來過大的經(jīng)濟和生活壓力。