公司合同糾紛的立案流程如下：

1. 準(zhǔn)備材料：將與合同糾紛有關(guān)的證據(jù)進(jìn)行整理，包括合同、支付憑證、通信記錄、證人證言等。

2. 辦理登記：前往當(dāng)?shù)厝嗣穹ㄔ夯蛳嚓P(guān)司法機(jī)構(gòu)，辦理合同糾紛案件登記手續(xù)。通常需要填寫(xiě)立案申請(qǐng)書(shū)，提供糾紛的基本情況、相關(guān)證據(jù)和要求等。

3. 受理調(diào)查：法院在受理案件后，將組織人員進(jìn)行調(diào)查和審查。可能會(huì)要求當(dāng)事人補(bǔ)充提供證據(jù)材料或進(jìn)行訴訟前調(diào)解。

4. 調(diào)解或訴訟：在實(shí)際操作中，法院往往會(huì)先嘗試調(diào)解解決糾紛。如果調(diào)解不成功，當(dāng)事人可以提交起訴狀，將糾紛進(jìn)一步提交法院審理。

5. 法院審理：法院會(huì)組織證據(jù)的交換、開(kāi)庭審理和逐級(jí)審查，以確定事實(shí)、認(rèn)定法律責(zé)任和制定判決書(shū)。

6. 執(zhí)行判決：如果判決書(shū)對(duì)被告判決有義務(wù)履行，但被告拒絕執(zhí)行，原告可以向法院申請(qǐng)強(qiáng)制執(zhí)行。

在公司合同糾紛中，當(dāng)事人可以尋求法律援助，委托律師代理案件。此外，立案之前，當(dāng)事人可以主動(dòng)嘗試與對(duì)方協(xié)商解決爭(zhēng)議，減少糾紛擴(kuò)大的可能性。最后，當(dāng)事人應(yīng)當(dāng)遵守法院的規(guī)定和指示，配合調(diào)查和參與訴訟過(guò)程，維護(hù)自己的權(quán)益。