運輸合同糾紛的管轄權主要由以下幾個原則來確定：

1. 合同約定原則：通常情況下，雙方在運輸合同中會約定爭議的解決辦法，包括爭議的管轄、仲裁等方式。如果在合同中明確約定了管轄權歸屬于某個特定的法院或仲裁機構，那么爭議的管轄權將按照合同約定來確定。

2. 被告住所地原則：如果運輸合同未約定爭議解決方式，那么按照被告的住所地原則來確定管轄權。即，爭議的管轄權將歸屬于被告所在地的法院。

3. 履行地原則：如果運輸合同的履行地與合同中約定的仲裁地或爭議管轄地不一致，那么爭議的管轄權將按照履行地原則來確定。即，爭議的管轄權將歸屬于合同的履行地所在地的法院。

4. 特殊管轄規(guī)定：某些特殊情況下，根據國家法律法規(guī)的相關規(guī)定，爭議的管轄權將歸屬于特定的法院，如涉及知識產權的爭議，可能會按照知識產權法院的管轄規(guī)定來確定。

5. 合同標的物所在地和簽訂地原則：在國際運輸合同中涉及多個國家的情況下，可以根據合同標的物所在地和合同簽訂地來確定爭議的管轄權。

需要注意的是，不同國家和地區(qū)的法律對管轄權的確定有所不同，因此在處理運輸合同糾紛時，應該根據具體情況仔細研究相關法律法規(guī)，并在與對方協(xié)商解決爭議時充分了解當?shù)氐墓茌牂嘣瓌t。此外，當雙方之間不能就管轄權達成一致時，可以通過司法程序來尋求最終的解決辦法。