工程合同糾紛案件的處理通常分為以下幾個(gè)步驟：

1. 調(diào)查與證據(jù)收集：首先，當(dāng)一方認(rèn)為發(fā)生合同糾紛時(shí)，應(yīng)立即收集有關(guān)糾紛的證據(jù)，包括相關(guān)合同文件、通信記錄、支付憑證、工程變更清單、施工過(guò)程照片等。同時(shí)，可以委托專(zhuān)業(yè)機(jī)構(gòu)對(duì)工程質(zhì)量等進(jìn)行評(píng)估，以獲取專(zhuān)業(yè)鑒定意見(jiàn)。

2. 協(xié)商與調(diào)解：一般情況下，當(dāng)發(fā)生糾紛時(shí)，雙方可以首先進(jìn)行協(xié)商與調(diào)解，通過(guò)友好的方式解決爭(zhēng)議?？梢越柚谌街薪闄C(jī)構(gòu)，如建設(shè)工程仲裁委員會(huì)等，促進(jìn)對(duì)話與妥善解決。

3. 仲裁與訴訟：如果協(xié)商與調(diào)解無(wú)法解決糾紛，當(dāng)事人可以選擇仲裁或訴訟作為繼續(xù)解決糾紛的途徑。仲裁適用于雙方協(xié)議選擇的仲裁機(jī)構(gòu)進(jìn)行處理，一般具有較高的效率和靈活性。而訴訟則是將爭(zhēng)議提交給法院進(jìn)行審理，受到法律程序的制約。

4. 裁決與執(zhí)行：在仲裁或訴訟過(guò)程中，法院或仲裁機(jī)構(gòu)會(huì)對(duì)糾紛進(jìn)行裁決。一旦裁決作出，相應(yīng)的執(zhí)行程序就會(huì)啟動(dòng)，包括對(duì)敗訴方的財(cái)產(chǎn)強(qiáng)制執(zhí)行、裁決的履行等。

尤其值得注意的是，對(duì)于工程合同糾紛的處理，可以尋求專(zhuān)業(yè)的法律咨詢(xún)和代理。專(zhuān)業(yè)律師可以根據(jù)案件的具體情況，提供具體的法律分析和建議，并協(xié)助當(dāng)事人進(jìn)行法律程序和訴訟策略的制定。