二手商鋪合同糾紛是指在商鋪轉讓過程中，買賣雙方因為合同內容、履行義務等方面出現分歧，導致無法達成共識或產生爭議的情況。處理二手商鋪合同糾紛需要一定的法律知識和合同分析能力，以下是一些常見的處理方式：

1. 協(xié)商解決：買賣雙方可以通過協(xié)商的方式解決合同糾紛。雙方可以重新磋商或修改合同條款，以達成共識并解決爭議。若無法達成一致，雙方可以考慮尋求專業(yè)調解機構或法律服務機構的幫助。

2. 法律訴訟：當協(xié)商解決無效時，買賣雙方可通過法律途徑解決合同糾紛。首先，雙方可以咨詢律師，了解自己的權益和法律責任。如果確實存在違約行為，可以通過法院提起訴訟，要求對方履行合同或承擔違約責任。法院將根據合同內容、證據材料等進行審理，并做出裁決。

3. 仲裁程序：在合同中約定了仲裁條款的情況下，雙方可以通過仲裁來解決合同糾紛。仲裁是一種非訴訟的解決糾紛方式，由仲裁員依法進行裁決。仲裁相對于法院訴訟，具有程序簡單、效率高等優(yōu)勢。

4. 調解程序：雙方可以通過調解來解決合同糾紛。調解是一種以調解員為中介，促使雙方自愿達成和解的方式。調解可以減少訴訟成本，保護雙方的權益，同時也有助于維護雙方商業(yè)關系。

5. 特殊糾紛處理機構：對于某些特殊類型的合同糾紛，可以選擇由專門的糾紛處理機構進行調解或裁決。比如，對于房地產相關的糾紛，可以選擇由房產交易中心或物業(yè)管理部門處理。

在處理二手商鋪合同糾紛時，雙方應保留相關的證據材料，如合同書面記錄、付款憑證、通信記錄等，以便提供給法院、仲裁機構或調解機構作為證據。此外，對于合同糾紛的處理，雙方應強調保護雙方的合法權益，合理維護自己的利益，同時也要尊重對方的權益，積極尋求解決的方式，以避免經濟和精神上的損失。