合同糾紛申請(qǐng)仲裁后，需要按照以下步驟進(jìn)行處理：

1. 準(zhǔn)備材料：收集與合同糾紛相關(guān)的證據(jù)材料，包括但不限于合同、協(xié)議、支付憑證、通信記錄等。

2. 提交申請(qǐng)：將準(zhǔn)備好的申請(qǐng)材料提交至仲裁機(jī)構(gòu)。在申請(qǐng)書中清楚陳述合同糾紛的事實(shí)、請(qǐng)求和證據(jù)，并附上相應(yīng)的證明材料。

3. 接受仲裁：仲裁機(jī)構(gòu)將對(duì)申請(qǐng)進(jìn)行審查。如果符合仲裁條件，仲裁機(jī)構(gòu)將受理案件，并通知對(duì)方當(dāng)事人。

4. 繳納費(fèi)用：申請(qǐng)仲裁需要繳納仲裁費(fèi)用。根據(jù)仲裁機(jī)構(gòu)的要求，向其繳納相應(yīng)的費(fèi)用。

5. 仲裁庭組建：仲裁機(jī)構(gòu)將根據(jù)案件的性質(zhì)、爭議的復(fù)雜程度等因素，組建合適的仲裁庭。

6. 仲裁程序：仲裁程序包括聽證會(huì)、提交證據(jù)、質(zhì)證辯論等，仲裁庭將依法公正地進(jìn)行案件審理，并根據(jù)證據(jù)和法律規(guī)定作出裁決。

7. 裁決生效：仲裁庭作出的裁決是有法律效力的，雙方當(dāng)事人均應(yīng)履行裁決結(jié)果。如有一方當(dāng)事人不服裁決，可以在規(guī)定的期限內(nèi)向人民法院提起訴訟。

需要注意的是，在進(jìn)行仲裁前，雙方當(dāng)事人可以協(xié)商解決糾紛。如果達(dá)成和解協(xié)議，雙方可以向仲裁機(jī)構(gòu)提交和解協(xié)議書，并請(qǐng)求終結(jié)仲裁程序。

總之，申請(qǐng)仲裁后需要積極參與仲裁程序，提供充分的證據(jù)材料，并遵循仲裁機(jī)構(gòu)的相關(guān)規(guī)定和程序，以便獲得公正的裁決結(jié)果。