廠房和商鋪的拆遷合法性，取決于具體的法律和規(guī)定。以下是一般的情況：

1.城市規(guī)劃法規(guī)定了城市土地的用途規(guī)劃和管理，地方政府有權根據(jù)城市發(fā)展需要，對土地進行規(guī)劃調整，包括拆遷。因此，在城市規(guī)劃需要的情況下，廠房和商鋪的拆遷是合法的。

2.拆遷程序通常需要經(jīng)過政府批準，并遵循相關程序和規(guī)定。地方政府需要進行評估和規(guī)劃，了解拆除的必要性和影響，協(xié)商并與相關當事人達成協(xié)議，例如提供適當?shù)难a償?shù)取?/p>

3.在拆遷過程中，權益保護也是非常重要的。根據(jù)法律，拆遷方需要提供合理的補償和安置安排，以保障被拆遷人的利益，并確保其能夠維持正常生活和業(yè)務。

然而，盡管有相關法律規(guī)定和程序，拆遷過程中仍可能出現(xiàn)一些爭議和糾紛。可能涉及到補償標準、協(xié)商過程、安置安排等方面。在這種情況下，被拆遷方可以通過法律途徑進行維權，例如提起訴訟或申請行政復議等。

總結起來，廠房和商鋪的拆遷在符合相關法律和規(guī)定的前提下是合法的。拆遷過程中，需要政府和拆遷方充分尊重被拆遷人的合法權益，并提供合理的補償和安置安排。同時，被拆遷方也應通過合法手段維護自己的合法權益。