如果廠房違建沒有發(fā)票，可能會給后期的手續(xù)辦理和糾紛解決帶來一定的困難。針對這種情況，有以下幾種解決方案。

首先，可以嘗試通過補辦發(fā)票的方式來解決問題?？梢月?lián)系相關(guān)單位或人員，了解其發(fā)票辦理流程和要求，并盡快補辦相應的發(fā)票。在辦理過程中，可能需要提供相關(guān)的證明材料，如違建的施工合同、支付款項的憑證等，以證明違建事實及付款情況，從而爭取到補辦發(fā)票的機會。

其次，也可以委托專業(yè)人士進行法律咨詢，尋求專業(yè)意見和建議。例如，可以咨詢律師或房產(chǎn)專業(yè)人士，了解在沒有發(fā)票的情況下，如何處理違建問題，以及后續(xù)應該采取的措施。他們可以幫助分析當前的情況，并給出可行性建議。

另外，可以積極配合相關(guān)部門的調(diào)查和處理工作。如果違建問題被相關(guān)部門察覺并展開調(diào)查，建議積極配合其工作，如提供相關(guān)的證據(jù)、合作解決問題等。在協(xié)助調(diào)查過程中，也可以嘗試與相關(guān)部門進行溝通，說明沒有發(fā)票的原因，并積極尋求合理解決方案。

最后，要積極遵守違建整改的相關(guān)要求。一旦違建問題不能通過補辦發(fā)票等方式解決，可能需要進行整改。在整改過程中，應與相關(guān)部門進行充分的溝通和協(xié)商，并按照要求進行整改。在整改的過程中，還可以咨詢相關(guān)專業(yè)人士，以確保整改工作的順利進行。

總之，處理廠房違建沒有發(fā)票的問題需要積極主動地與相關(guān)單位和部門進行溝通和解決?？梢酝ㄟ^補辦發(fā)票、法律咨詢、配合調(diào)查和整改等方式，爭取到合理的解決方案，并盡量避免進一步的糾紛和問題。