農村自建房廠房拆遷賠償，在中國，根據《城市房屋拆遷與補償條例》、《農村拆遷補償條例》等法律法規(guī)的規(guī)定，是應當進行賠償的。

首先，根據法律規(guī)定，農村自建房和廠房拆遷時，人民政府應當根據拆遷的具體情況和政策要求，合理確定補償標準和方式。這意味著農村自建房和廠房的所有者在拆遷時應該得到相應的賠償。

其次，根據《城市房屋拆遷與補償條例》第三十條和《農村拆遷補償條例》第十四條的規(guī)定，農村自建房和廠房的拆遷賠償應當包括房屋及其附屬設施、經營設備、地面及地下附屬設施、其他合理的賠償費用等內容。

最后，在實際操作中，農村自建房和廠房的拆遷賠償金額會受多種因素的影響，如房屋的面積、使用年限、市場價值、承租租金等。因此，賠償金額應當根據具體情況進行評估，并由拆遷補償評估機構進行評估。

總之，農村自建房和廠房拆遷時應當進行賠償。拆遷賠償金額的確定需要根據相關法律法規(guī)的規(guī)定和專業(yè)機構的評估，以確保賠償的公平合理性。