公司借款合同糾紛的起訴程序如下：

1. 準(zhǔn)備起訴材料：首先，需要準(zhǔn)備起訴所需的材料，包括公司借款合同、借款憑證、還款憑證、相關(guān)書面通信等證據(jù)文件。

2. 確定管轄法院：根據(jù)合同約定或者根據(jù)法律規(guī)定，確定適當(dāng)?shù)墓茌牱ㄔ哼M(jìn)行起訴。一般情況下，起訴應(yīng)在合同履行地或者被告所在地進(jìn)行。

3. 提交起訴狀：將準(zhǔn)備好的起訴材料提交給管轄法院，向法院遞交起訴狀和相關(guān)文件，并支付適當(dāng)?shù)脑V訟費(fèi)用。

4. 受理與立案：法院會(huì)在接收到起訴狀后進(jìn)行審查，確認(rèn)起訴狀的格式和內(nèi)容是否符合法律規(guī)定，并決定是否受理起訴。如果法院認(rèn)定起訴符合法律規(guī)定，就會(huì)立案，否則可能需要裁定不予受理。

5. 通知被告：一旦起訴被法院受理并立案，法院將通知被告，告知被告訴訟事項(xiàng)和開庭時(shí)間。

6. 開庭審理：在指定的開庭時(shí)間，法院將組織雙方當(dāng)事人進(jìn)行庭審。雙方當(dāng)事人可以提交書證、證人證言、鑒定意見等證據(jù)，進(jìn)行辯論，闡述各自的觀點(diǎn)和主張。

7. 判決結(jié)果：法院在開庭審理之后，會(huì)依據(jù)法律規(guī)定和各方提供的證據(jù)，做出判決結(jié)果。如果判決有異議，可以提起上訴。

綜上所述，公司借款合同糾紛的起訴需要準(zhǔn)備充分的證據(jù)材料，選擇適當(dāng)?shù)姆ㄔ哼M(jìn)行起訴，并按照法律程序進(jìn)行申請(qǐng)、立案、通知被告、開庭審理等步驟。請(qǐng)注意，本回答僅提供了一般性的起訴流程，具體操作還需結(jié)合具體案件的特點(diǎn)和法律規(guī)定來進(jìn)行。