協(xié)議糾紛和合同糾紛在本質(zhì)上是相似的，但也存在一些細(xì)微的差異。

首先，合同糾紛是指在合同關(guān)系中發(fā)生的爭議，而協(xié)議糾紛則是指在協(xié)議關(guān)系中發(fā)生的爭議。合同通常是雙方達(dá)成一致并簽署的正式文件，明確了雙方的權(quán)利義務(wù)和約束關(guān)系。而協(xié)議通常是雙方相互同意的口頭或書面約定，雖然沒有正式的合同文件，但仍然具有約束力。因此，協(xié)議糾紛可以理解為一種合同糾紛的特殊形式。

其次，合同糾紛通常涉及到法律的解釋和適用，而協(xié)議糾紛則更側(cè)重于協(xié)議的履行和解釋。在合同糾紛中，當(dāng)一方違反了合同條款，另一方可以要求違約方履行合同或者要求賠償損失。而在協(xié)議糾紛中，當(dāng)協(xié)議的內(nèi)容或約定存在爭議時，雙方通常需要依靠解釋協(xié)議的意圖和目的，來解決爭議并繼續(xù)履行協(xié)議。

此外，合同糾紛通常需要根據(jù)合同法的相關(guān)規(guī)定和法律原則來處理，而協(xié)議糾紛則更側(cè)重于雙方達(dá)成的具體約定和實際情況。在處理協(xié)議糾紛時，法官或仲裁員可能會更傾向于保護(hù)協(xié)議雙方的意圖和誠實交易原則，以及協(xié)議所涉及的特定行業(yè)的規(guī)則和標(biāo)準(zhǔn)。

綜上所述，協(xié)議糾紛可以理解為一種特殊的合同糾紛，二者在本質(zhì)上很相似，都是由于合同或協(xié)議的履行發(fā)生爭議導(dǎo)致的。然而，協(xié)議糾紛更注重于協(xié)議本身的解釋和履行，可能與法律的適用有所差異。無論是合同糾紛還是協(xié)議糾紛，當(dāng)出現(xiàn)爭議時，雙方可通過協(xié)商、仲裁或訴訟等方式來解決糾紛。