制種合同糾紛是指在雙方簽訂制種合同時(shí)，由于合同條款的執(zhí)行問(wèn)題而引起的爭(zhēng)議。解決制種合同糾紛的方法有以下幾種：

1. 協(xié)商解決：在發(fā)生爭(zhēng)議后，雙方可以通過(guò)友好協(xié)商的方式解決糾紛。雙方可以約定舉行談判，或者請(qǐng)專業(yè)人士作為調(diào)解人參與，通過(guò)溝通等方式找到一個(gè)雙方都能接受的解決方案。

2. 法律途徑：如果協(xié)商無(wú)法達(dá)成一致，雙方可以選擇將爭(zhēng)議提交法院解決。根據(jù)相關(guān)法律法規(guī)，一方可以向人民法院提起訴訟，并提交相關(guān)證據(jù)，法院將依法審理案件并作出判決。

3. 仲裁解決：雙方可以約定將爭(zhēng)議提交仲裁機(jī)構(gòu)解決。仲裁是相對(duì)于訴訟的一種非訴訟糾紛解決方式，仲裁機(jī)構(gòu)的仲裁裁決具有強(qiáng)制執(zhí)行力，適用于雙方都愿意接受獨(dú)立第三方的解決方案的情況。

4. 鑒定解決：雙方可以約定將爭(zhēng)議問(wèn)題提交專業(yè)的鑒定機(jī)構(gòu)進(jìn)行鑒定。鑒定機(jī)構(gòu)將根據(jù)相關(guān)法律規(guī)定進(jìn)行鑒定，并出具鑒定報(bào)告，作為雙方解決爭(zhēng)議的依據(jù)。

無(wú)論選擇哪種解決方法，雙方應(yīng)該注重合作，爭(zhēng)取通過(guò)友好的方式解決問(wèn)題，保障彼此的合法權(quán)益。此外，雙方在簽訂合同時(shí)，應(yīng)當(dāng)明確合同的責(zé)任和義務(wù)條款，并注意合同的執(zhí)行和履行情況，避免出現(xiàn)糾紛的發(fā)生。