合同糾紛是由司法機關來處理的，具體由人民法院負責處理。合同是一種法律文件，涉及到雙方之間的權益與義務，一旦發(fā)生合同糾紛，就需要依法解決，人民法院是根據我國法律體系來進行維權的機構。

根據我國的法律規(guī)定，合同糾紛應由當事人自愿協(xié)商解決。如果協(xié)商不能解決，則需要向人民法院提起訴訟。在受理合同糾紛案件時，人民法院會根據相關法律和合同的具體情況，進行調查、審理，并作出判決。

人民法院在處理合同糾紛時，會依據《中華人民共和國合同法》等法律法規(guī)進行裁決。合同法對合同的訂立、履行、變更、解除等各個方面進行了詳細的規(guī)定，并對合同違約責任進行了明確規(guī)定。根據合同法的規(guī)定，當事人在履行合同過程中發(fā)生爭議，可以根據合同約定或者按照法律規(guī)定進行協(xié)商、調解或者訴訟解決。

對于合同糾紛的訴訟，人民法院會依法進行裁決，保護當事人的合法權益。在裁決過程中，人民法院會審查合同的有效性、合同履行情況、違約責任等各個方面的問題，并根據實際情況做出公正的判決。

總之，合同糾紛是由人民法院來處理的，人民法院負責依法審理合同糾紛案件，保障當事人的合法權益。當發(fā)生合同糾紛時，當事人可以通過協(xié)商、調解或者訴訟等方式來解決問題，保護自身權益。