拆遷企業(yè)對合作商鋪的補償主要包括以下幾個方面：

1. 經濟補償：拆遷企業(yè)應按照國家相關法律法規(guī)和政府規(guī)定，根據商鋪的面積、地段、使用年限等因素，以市場價格為基準，向合作商鋪支付一定的貨幣補償。根據具體情況，可以選擇一次性支付或分期支付。

2. 交換物或居住安置：當商鋪無法繼續(xù)經營時，拆遷企業(yè)可以提供其他商鋪作為補償，以滿足合作商鋪的經營需求。若合作商鋪為個人住宅，則可以提供合適的居住房源進行安置。

3. 辦公場所安排：如果合作商鋪需要繼續(xù)經營，但無法在原址經營，拆遷企業(yè)可以提供臨時或永久的辦公場所，以保證商鋪的經營正常進行。

4. 人力資源調整：拆遷企業(yè)可以協助合作商鋪將員工安置到其他工作崗位或提供就業(yè)推薦，以保障員工的權益和穩(wěn)定生計。

5. 移植賠償：對于已經形成良好經營模式的商鋪，拆遷企業(yè)應該提供適當的移植補償，包括裝修、設備、庫存、品牌等，并協助合作商鋪開展新店鋪運營。

需要注意的是，具體的補償標準和方式應根據國家政策和地方規(guī)定進行執(zhí)行。同時，在與拆遷企業(yè)進行協商時，合作商鋪需保持積極溝通，主動提供相關證明材料和資料，確保自己的權益得到有效保障。