處理工程設(shè)計合同糾紛的方法如下：

1. 客觀評估糾紛：首先需要對糾紛進(jìn)行客觀評估，了解糾紛的具體情況、爭議點以及雙方的主張和證據(jù)。這有助于確定糾紛的性質(zhì)和可能的解決方案。

2. 協(xié)商解決：在糾紛發(fā)生后，雙方可以選擇通過協(xié)商達(dá)成解決方案。在協(xié)商過程中，應(yīng)保持冷靜、理性，并且確保雙方有充分的機會表達(dá)自己的意見和利益。如果雙方能夠妥協(xié)，并達(dá)成共識，可以通過起草書面和解協(xié)議來解決糾紛。

3. 仲裁程序：如果協(xié)商解決不成功，雙方可以選擇仲裁程序。仲裁是一種比較靈活、高效的爭議解決方法，可以根據(jù)雙方的意愿選擇仲裁員和仲裁機構(gòu)。仲裁裁決具有強制執(zhí)行力，可以有效解決糾紛。

4. 訴訟程序：如果仲裁不成功或任何一方不同意仲裁裁決，雙方可以選擇通過法院訴訟解決糾紛。在訴訟過程中，雙方需要提供足夠的證據(jù)支持自己的主張，并接受法院的調(diào)查和判決。

5. 尋求專業(yè)幫助：處理工程設(shè)計合同糾紛需要專業(yè)的法律知識和經(jīng)驗。因此，建議雙方在糾紛處理過程中尋求專業(yè)律師或仲裁人的幫助，以確保自己的權(quán)益得到充分保護(hù)。

總之，處理工程設(shè)計合同糾紛需要謹(jǐn)慎、有效地采取適當(dāng)?shù)慕鉀Q方法，確保糾紛能夠得到公正、合理、及時的解決。