處理工傷申報(bào)合同糾紛的方法有以下幾種：

1. 協(xié)商解決：雙方可以通過(guò)協(xié)商方式，商議解決方案，如調(diào)整資金補(bǔ)償、重新簽訂合同等，以達(dá)成共識(shí)。當(dāng)雙方均愿意妥協(xié)時(shí)，可以選擇協(xié)商解決。

2. 第三方調(diào)解：可通過(guò)聘請(qǐng)第三方調(diào)解員進(jìn)行調(diào)解，雙方將爭(zhēng)議提交給調(diào)解員，聽(tīng)取其中立意見(jiàn)，并據(jù)此達(dá)成妥善解決方案。

3. 仲裁解決：申請(qǐng)仲裁是常見(jiàn)的解決工傷申報(bào)合同糾紛的方式。當(dāng)事人可以向仲裁機(jī)構(gòu)遞交仲裁申請(qǐng)書(shū)，由仲裁機(jī)構(gòu)進(jìn)行調(diào)查調(diào)解或作出裁決。

4. 訴訟解決：作為最后的解決方式，當(dāng)其他方式均無(wú)法解決糾紛時(shí)，雙方可以選擇通過(guò)法院提起訴訟，由法院審理并判決解決。

無(wú)論采取哪種方式，關(guān)鍵是雙方要保持冷靜，積極溝通，尋求互利共贏的解決方案，以減少糾紛的進(jìn)一步激化，維護(hù)雙方合法權(quán)益。在處理過(guò)程中，可以尋求法律專業(yè)人士的幫助，了解當(dāng)?shù)胤煞ㄒ?guī)，以更好地解決工傷申報(bào)合同糾紛。