在建工程合同糾紛發(fā)生時，當事人可以選擇通過民事訴訟的方式來解決。具體的起訴程序如下：

1. 準備材料：當事人應該準備相關的證據材料，包括合同、支付憑證、施工記錄、專業(yè)鑒定報告等，以及起訴狀和其他法律文書。

2. 起訴狀的提交：當事人將起訴狀以及其他相關材料提交給當地法院，通常是地事或基層法院，具體以行政區(qū)劃為準。

3. 立案受理：法院收到起訴狀后，會進行立案受理，并向當事人發(fā)出受理通知書，通知雙方到庭參加庭前調解。

4. 調解：庭前調解是法院推行的一項解紛機制，雙方當事人可以通過和解協議解決爭議。調解不成功或拒絕調解的情況下，將進行庭前準備工作。

5. 庭前準備：法院會依法組織雙方當事人在庭前交換證據材料，并進行證據的鑒定和辯論，以便為審理提供依據。

6. 開庭審理：根據法院的安排和調整，法院會安排開庭審理時間，并通知雙方當事人到庭參加。

7. 審理判決：法院通過法官主持庭審，聽取雙方當事人的陳述和辯論，最終做出審判決定。根據實際情況，法院可能判決一方返還款項、承擔損失等。

8. 離開庭安排：如果一方不服判決結果，可以在規(guī)定的時間內向上級法院提出上訴。

需要注意的是，起訴建工程合同糾紛時，最好在訴訟程序開始之前就向律師咨詢，了解相關法律規(guī)定以及案件可能的賠償范圍，從而在起訴過程中獲得更好的維權效果。