處理干股合同糾紛案的方法通常包括以下幾個步驟：

1. 梳理合同條款：首先需要對合同進行仔細的閱讀和梳理，明確雙方的權利和義務，弄清糾紛的具體內容。

2. 協(xié)商解決：雙方可以嘗試通過友好的協(xié)商方式解決糾紛。可以面對面交流，爭取達成共識并修訂合同條款。

3. 第三方調解：如果協(xié)商無果，可以尋求第三方調解機構或專家的幫助。這些調解機構或專家會獨立公正地對雙方爭議進行調解，努力達成雙方都能接受的解決方案。

4. 仲裁申請：如果調解仍然失敗，可以向相關仲裁機構提交仲裁申請。仲裁是一種法律強制手段，可以由專業(yè)仲裁師對糾紛進行公正審理，并做出裁決。

5. 訴訟程序：如果以上方法都無法解決糾紛，雙方可以選擇通過法院訴訟的方式解決。訴訟程序需要按照法律程序進行，雙方需要準備相關證據(jù)，參與庭審，并接受法院的判決。

關于處理干股合同糾紛案的具體方法，建議當事人咨詢律師或專業(yè)機構，根據(jù)具體情況制定相應的解決方案。