施工企業(yè)管理合同糾紛應(yīng)采取以下措施：

1. 合同起草：在起草合同時，施工企業(yè)應(yīng)確保合同條款明晰、清楚，避免模糊不清的術(shù)語和條件。合同中應(yīng)包括各方的責(zé)任和義務(wù)、合同履行期限、支付方式等細(xì)節(jié)，并確保雙方對合同內(nèi)容達(dá)成一致。

2. 合同審核：在與業(yè)主簽訂合同時，施工企業(yè)應(yīng)仔細(xì)審核合同內(nèi)容，確認(rèn)是否滿足法律法規(guī)的要求，并保證自己能夠履行合同中所約定的義務(wù)。

3. 監(jiān)管與驗收：施工企業(yè)應(yīng)通過監(jiān)控和監(jiān)督來確保施工按合同要求進(jìn)行，并邀請業(yè)主參與施工過程的驗收。如有任何糾紛或問題出現(xiàn)，應(yīng)立即采取措施解決，避免問題進(jìn)一步擴(kuò)大。

4. 及時溝通：當(dāng)合同糾紛發(fā)生時，施工企業(yè)應(yīng)與業(yè)主及時進(jìn)行溝通，了解彼此的訴求和意見，盡量達(dá)成共識。通過有效的溝通可以有效避免糾紛升級，尋找解決問題的最佳方法。

5. 法律援助：如果合同糾紛無法通過協(xié)商解決，施工企業(yè)應(yīng)及時尋求法律援助?？梢晕新蓭熯M(jìn)行法律調(diào)查、協(xié)商和訴訟等程序，以維護(hù)自身的合法權(quán)益。

6. 調(diào)解與仲裁：為避免長時間的訴訟過程，施工企業(yè)可選擇訴前調(diào)解或仲裁的方式解決合同糾紛。通過第三方的調(diào)解或仲裁可以公正客觀地解決糾紛，縮短解決時間。

7. 防患未然：施工企業(yè)應(yīng)從源頭上避免合同糾紛的發(fā)生。在項目策劃階段，施工企業(yè)應(yīng)對工程風(fēng)險進(jìn)行充分評估，并采取相應(yīng)的措施來降低風(fēng)險。同時，施工企業(yè)還應(yīng)加強內(nèi)部管理，規(guī)范操作流程，確保合同的履行和質(zhì)量的保證。

綜上所述，施工企業(yè)要管理好合同糾紛需注重合同起草、審核，加強監(jiān)管與驗收，及時溝通，尋求法律援助，選擇調(diào)解與仲裁，并從源頭上防范合同糾紛的發(fā)生。