建設工程合同糾紛的賬務處理主要包括以下幾個步驟：

1.收集證據(jù)：首先，需要收集相關的合同文本、變更通知、支付憑證、施工進度報告等與糾紛有關的文件和證據(jù)。

2.評估合同履約情況：仔細審查合同條款，了解雙方權益和責任，評估各方是否履行合同義務，并確定合同違約責任及相關賠償金額。

3.確定索賠金額：根據(jù)合同約定和糾紛性質(zhì)，以及施工過程中雙方的實際支付和開支情況，計算索賠金額。

4.編制索賠報告：根據(jù)收集到的證據(jù)和計算出的索賠金額，編制詳細的索賠報告，將索賠理由和索賠金額清楚地陳述，以便向相關部門或法院提供。

5.提交索賠申請：將索賠報告以書面形式提交給相關部門或法院，并注明索賠的依據(jù)和要求。

6.跟進處理進展：跟蹤提交的索賠申請的處理進展，主動與相關部門或法院進行溝通，提供補充證據(jù)和說明，確保索賠得到妥善處理。

7.履行判決或和解協(xié)議：最后，根據(jù)最終的判決結果或雙方達成的和解協(xié)議，進行相關的費用結算和賬務處理，包括支付索賠金額、清算相關費用和開支等。

需要注意的是，以上步驟是一個比較通用的處理流程，具體的賬務處理還應根據(jù)糾紛的具體情況和涉及的相關法律法規(guī)進行具體操作。同時，建議在處理合同糾紛時，可以尋求專業(yè)的法律咨詢機構或律師的幫助，以確保合法權益的維護。