建設(shè)工程合同糾紛起訴的程序主要包括以下幾個步驟：

1. 準備起訴材料：首先，需要整理和準備相關(guān)的合同、協(xié)議、支付憑證、證據(jù)材料等，以證明雙方之間存在約定的工程建設(shè)合同，并描述雙方的權(quán)益和產(chǎn)生糾紛的原因。

2. 找到適當?shù)姆ㄔ海焊鶕?jù)案件的爭議金額和地域，選擇合適的法院提起訴訟。一般來說，建設(shè)工程合同糾紛所涉及的糾紛金額較大，會選擇市級中院或者高級法院。

3. 提起訴訟：將準備好的起訴材料交給法院，并按照行政法庭或民事法庭相應(yīng)的程序進行遞交。隨后，法院將會通知對方被告，并發(fā)出訴訟文書，正式開始訴訟程序。

4. 舉證和辯論：在法院規(guī)定的時間內(nèi)，雙方當事人可以在庭審中提出證據(jù)和陳述以支持自己的主張。法庭將依法負責審查證據(jù)，并聽取雙方當事人的辯論。

5. 判決和申訴：經(jīng)過庭審后，法院將會作出相應(yīng)的判決，裁定勝敗。如果當事人對判決不滿意，可以在法定期限內(nèi)提交上級法院的上訴申請。

需要注意的是，具體的訴訟程序可能會因地區(qū)和具體案件而有所不同，建議在起訴前咨詢專業(yè)的律師，以獲取專業(yè)的建議和指導。