如果工廠拆遷評估被低估了，賠償可以通過以下方式進行：

1. 重新評估：可以要求進行重新評估，以確保評估價值準確反映了被拆遷工廠的價值。重新評估可以通過聘請第三方專業(yè)評估機構(gòu)來進行。

2. 協(xié)商補償：可以與拆遷方進行協(xié)商，提出自己的理由和證據(jù)，爭取獲得更高的補償金額。這需要雙方坐下來協(xié)商，并可能需要通過法律程序來解決爭議。

3. 法律訴訟：如果無法通過協(xié)商解決爭議，可以考慮提起法律訴訟，尋求法院的裁決。這需要咨詢律師，并提供足夠的證據(jù)來支持自己的主張。

4. 尋求政府介入：可以向相關(guān)政府部門投訴，并請求其介入處理。政府部門可能會重新評估，或提供其他協(xié)助來解決問題。

無論選擇哪種方式，都需要準備充分的證據(jù)，包括相關(guān)文件、報告和專業(yè)意見等，以支持自己的主張。同時，與拆遷方進行充分的溝通和協(xié)商，尋求最佳解決方案。