對于拆遷廠房違建問題，可以采取以下處理措施：

1. 合作解決：企業(yè)可以積極與有關部門溝通協(xié)商，了解違建的具體問題，并主動提出整改方案。根據(jù)整改方案進行調(diào)整改建，確保符合法律法規(guī)要求，與相關部門共同解決問題。

2. 合法合規(guī)運營：如果違建無法整改，企業(yè)可以重新辦理相應的手續(xù)，將違建部分合法合規(guī)地納入正規(guī)經(jīng)營范圍，確保企業(yè)的合法性和穩(wěn)定性。

3. 索賠或補償：如果拆遷廠房違建導致企業(yè)經(jīng)營受到損失，企業(yè)可以向有關部門提出索賠或補償申請，通過法律途徑爭取自己的合法權(quán)益。

4. 尋找新址：如果拆遷廠房違建無法解決或整改后影響到企業(yè)正常經(jīng)營，企業(yè)可以積極尋找新的廠房地址，保證企業(yè)的正常運營。

總之，企業(yè)應該重視拆遷廠房違建問題，積極與有關部門合作，尋求最佳的解決方案，以確保企業(yè)的合法性和持續(xù)發(fā)展。