拆遷廠房如何處理違建企業(yè)是一個相對復雜的問題，需要綜合考慮法律法規(guī)、社會穩(wěn)定、產業(yè)發(fā)展等多個因素。

首先，針對違法建設，應該依法依規(guī)進行處罰。相關違建企業(yè)在拆遷行動中應被追責，并根據違法行為程度進行相應的罰款、責令停工整頓等懲罰措施，以增強其違法成本，警示其他可能違建企業(yè)。

其次，為了維護社會穩(wěn)定和正當權益，政府應積極引導違建企業(yè)通過合法渠道參與產業(yè)升級和轉型。政府可以協(xié)助違建企業(yè)尋找新的廠房、土地等資源，推動其合法化發(fā)展，并提供相應的政策支持和財政資金扶持，幫助企業(yè)樹立正當經營觀念。

此外，政府還應加強相關部門的監(jiān)管和執(zhí)法力度，加強對違建行為的預防和打擊力度，通過嚴厲的監(jiān)管措施，降低違法建設的風險和成本，有效遏制違法行為的發(fā)生。

對于與拆遷廠房緊密相關的勞動者，政府還應加強對他們的安置和培訓工作，幫助他們盡快找到新的工作崗位或轉行就業(yè)，以保障他們的生活穩(wěn)定。

最后，政府還可以鼓勵相關企業(yè)通過市場化手段進行合并重組或產業(yè)轉移，以提高企業(yè)的競爭力和發(fā)展?jié)摿?，為其提供更好的發(fā)展環(huán)境和條件。

總之，在拆遷廠房處理違建企業(yè)的過程中，政府應該堅持依法辦事的原則，既要懲罰違法行為，也要積極引導企業(yè)合法化發(fā)展，同時保障勞動者的就業(yè)權益，為經濟社會的穩(wěn)定和可持續(xù)發(fā)展提供保障。