合作合同糾紛的案由可以包括以下幾個方面：1. 不履行合同義務(wù)：一方未履行合同中所約定的義務(wù)，或者履行不符合約定的標(biāo)準(zhǔn)，導(dǎo)致合同無法正常進行或者給對方造成損失。2. 誤解或解釋不一致：雙方對合同條款的理解不一致或存在誤解，導(dǎo)致在履行合同過程中產(chǎn)生矛盾和沖突。3. 合同修改糾紛：合同期間，雙方對于合同的修改產(chǎn)生分歧，無法達成一致，導(dǎo)致合同糾紛產(chǎn)生。4. 解除合同爭議：一方或雙方希望解除合同，但在解除合同的條件、程序等方面產(chǎn)生分歧，導(dǎo)致合同糾紛。5. 合同違約：一方或雙方違反合同約定的條款或者約定的期限，給對方造成損失或影響合同的實施，引發(fā)合同糾紛。在合作合同糾紛中，爭議的產(chǎn)生往往與合同的解釋、履行、修改以及違約等方面有關(guān)。