處理海員合同糾紛案件需要遵循相關法律程序和程序。首先，當收到海員合同糾紛報告時，應盡快收集證據，包括合同、工資單、證人證言等。然后，建議雙方通過媒體或爭議解釋機構進行協(xié)商和調解。如果協(xié)商失敗，可以考慮向勞動仲裁委員會提出仲裁申請。仲裁委員會將調查案件，并做出最終仲裁裁決。如果雙方對仲裁決定不滿意，可以向法院提起訴訟。在整個過程中，應該確保雙方的合法權益得到保護，并采取適當的法律手段來解決糾紛。同時，相關部門也應加強監(jiān)管，加強對海員合同履行情況的審查和監(jiān)督，以減少合同糾紛的發(fā)生。