根據(jù)中國《城市房地產(chǎn)管理法》和《城市房屋拆遷與補償條例》，在新疆地區(qū)，商鋪被拆遷時一般按照以下方式進行賠償：

1. 經(jīng)濟補償：根據(jù)被拆遷商鋪的實際價值以及有關(guān)部門評估的市場價值，支付一定金額的經(jīng)濟補償，包括商鋪的內(nèi)外裝修、經(jīng)營權(quán)等費用。

2. 損失補償：如果被拆遷商鋪因拆遷導(dǎo)致經(jīng)濟損失，如停業(yè)期間的盈利損失等，相關(guān)部門會給予一定金額的損失補償。

3. 臨時安置費：在被拆遷商鋪受到影響期間，可以給予臨時安置費，用于租賃新的商鋪。

4. 移動補助費：如果被拆遷商鋪需要搬遷，相關(guān)部門會支付一定金額的搬遷費用，包括物品搬運、設(shè)備遷移等費用。

需要注意的是，具體賠償標(biāo)準(zhǔn)會根據(jù)當(dāng)?shù)卣?guī)定的拆遷政策而有所不同，被拆遷商鋪的所有者需要與相關(guān)部門進行協(xié)商和談判，確保自身合法權(quán)益的得到保障。