運(yùn)輸證合同糾紛主要指的是運(yùn)輸合同中雙方在運(yùn)輸證的具體約定上發(fā)生的糾紛。解決此類糾紛需要采取以下步驟：

1. 協(xié)商解決：雙方可以進(jìn)行協(xié)商，就爭(zhēng)議事項(xiàng)進(jìn)行充分的溝通和交流。通過協(xié)商，雙方可以盡量達(dá)成一致，并在合同中作出相應(yīng)的修改和補(bǔ)充。

2.起訴訴訟：如果協(xié)商無果，糾紛不能得到解決，雙方可以選擇起訴采取法律訴訟的方式解決糾紛。當(dāng)其中一方向法院提起訴訟時(shí)，法院會(huì)根據(jù)平等互利的原則來裁決。

3. 仲裁：運(yùn)輸合同糾紛也可以通過仲裁機(jī)構(gòu)進(jìn)行解決。雙方可以選擇公證處、商會(huì)或行業(yè)協(xié)會(huì)等第三方仲裁機(jī)構(gòu)進(jìn)行仲裁。仲裁過程訴訟簡(jiǎn)潔、公正高效，而且仲裁結(jié)果具有法律效力。

4. 調(diào)解：雙方可以向調(diào)解機(jī)構(gòu)申請(qǐng)調(diào)解。調(diào)解機(jī)構(gòu)的工作人員會(huì)以中立的姿態(tài)，從協(xié)調(diào)雙方關(guān)系、減少?zèng)_突和維護(hù)合同目的的角度出發(fā)，促使雙方達(dá)成和解協(xié)議。

無論采取哪種方式解決運(yùn)輸證合同糾紛，雙方應(yīng)當(dāng)注重保留相關(guān)證據(jù)，包括合同、交貨單、付款憑證、通知和協(xié)議等，以支持自己的訴求，并及時(shí)請(qǐng)律師提供法律意見。此外，雙方還應(yīng)遵守法律程序，尊重對(duì)方權(quán)益，充分履行義務(wù)，以維護(hù)良好合作關(guān)系。