處理商業(yè)合同糾紛案件的一般步驟如下：

1. 理清糾紛的事實和主要爭議點：確定糾紛的核心問題，找出涉及的具體合同條款以及雙方的違約行為或爭議點。

2. 尋求解決糾紛的協(xié)商途徑：在糾紛初期，可以嘗試通過協(xié)商的方式解決糾紛，雙方可以互相表達意見，討論解決方案，達成妥協(xié)。

3. 調(diào)解和中介機構(gòu)介入：如果雙方無法獨立解決糾紛，可以尋求調(diào)解或中介機構(gòu)的協(xié)助。這些機構(gòu)通常具備專業(yè)的知識和經(jīng)驗，可以幫助雙方達成和解。

4. 提起訴訟：當協(xié)商或調(diào)解無法解決糾紛時，當事方可以選擇提起訴訟，向法院提出起訴申請。起訴時需要準備好合同文本、證據(jù)材料以及法律意見等。

5. 訴訟過程：在訴訟過程中，雙方將提交書面陳述、證據(jù)、辯論等，法院將進行審理，并作出裁決。

6. 裁決執(zhí)行：如果法院作出判決，判決一旦生效，當事人應(yīng)按照判決履行權(quán)利和義務(wù)。如果一方拒絕履行判決，則可申請強制執(zhí)行。

7. 上訴：如果當事人對一審判決不服，可以在規(guī)定的時間內(nèi)向上級法院提起上訴，請求進行再審。

總之，在處理商業(yè)合同糾紛案件時，雙方可以充分利用協(xié)商、調(diào)解、訴訟等多種方式來解決爭議，并依法履行權(quán)利和義務(wù)。當事人需要根據(jù)具體情況選擇最適合自身利益的方法，并在整個過程中咨詢律師以獲取法律建議與指導。