合同糾紛可以通過以下方式進行起訴：

1. 提起民事訴訟：當一方違反了合同的約定或者未履行合同義務時，對方可以向人民法院提起民事訴訟，要求對方履行合同或者賠償損失。

2. 提起仲裁訴訟：合同雙方可以約定在合同中在出現(xiàn)糾紛時通過仲裁來解決，一方可以向仲裁機構提起仲裁訴訟，要求對方履行合同或者賠償損失。

3. 索賠和和解：受損的一方可以通過向對方發(fā)函或者提出書面索賠要求，強調對方違約或者未履行合同義務的事實和損失，并要求對方賠償損失。同時，雙方也可以協(xié)商和解，達成妥善解決糾紛的協(xié)議。

4. 起訴行政訴訟：當涉及到政府機構或者政府相關事務的合同糾紛時，一方可以向行政機關提起行政訴訟，要求行政機關履行合同義務或者賠償損失。

無論采取哪種方式起訴，當事人應該準備充分的證據(jù)來證明合同的訂立、違約或者未履行合同義務的事實，以便在訴訟過程中證明自己的權益和合法性。同時，在起訴前，可以尋求法律專業(yè)人士的幫助，了解相關法律規(guī)定和程序，以便更好地進行合同糾紛的起訴。