工程款合同糾紛案處理一般需要以下步驟：

1. 總結(jié)合同內(nèi)容和爭議點(diǎn)：首先要對雙方簽訂的工程款合同進(jìn)行仔細(xì)閱讀，了解合同條款和約定的權(quán)益和義務(wù)，明確雙方存在的爭議點(diǎn)。

2. 協(xié)商解決：雙方應(yīng)該通過友好協(xié)商尋求解決辦法，可以進(jìn)行對話，表達(dá)各自的意見和要求，并積極尋求共同的對策，盡力避免訴訟的發(fā)生。

3. 調(diào)解申請：如果協(xié)商未果，任何一方可以向相關(guān)機(jī)構(gòu)或?qū)I(yè)人士申請調(diào)解，例如建設(shè)局、仲裁委員會等。調(diào)解的目的是通過第三方的介入，找到雙方都能接受的解決方案。

4. 仲裁申請：如果調(diào)解無效，任何一方可以向仲裁委員會或法院提出仲裁申請。通過公正的仲裁程序，調(diào)查并評估爭議，并做出解決方案。

5. 訴訟：如果仲裁也未能解決糾紛，當(dāng)事人可以向法院提起訴訟。法院會根據(jù)雙方的陳述和提供的證據(jù)，審理案件，并最終作出裁決。

6. 執(zhí)行：如果法院判決有賠償金額的，被告一方需要按照判決書的要求支付賠償款。如果判決沒有被履行，需要向法院申請強(qiáng)制執(zhí)行。

在處理工程款合同糾紛案時，雙方應(yīng)保持冷靜和理性，并積極尋求解決方案。此外，尋求合適的法律援助和專業(yè)咨詢也是處理糾紛的有效途徑。