水庫合同糾紛是指在水庫建設、管理過程中，涉及合同的履行、解除，給相關當事人帶來爭議和糾紛的問題。處理水庫合同糾紛主要涉及以下幾個方面。

首先，當發(fā)生水庫合同糾紛時，雙方當事人應首先通過友好協(xié)商解決。雙方可以通過召開協(xié)商會議，明確糾紛的主要爭議點，針對問題進行討論和交流，尋求雙方都能接受的解決方案。協(xié)商解決具有快捷、低成本的特點，在保持合作關系的同時解決問題。

如果協(xié)商解決不能達成一致，雙方當事人可以尋求第三方調解?？梢酝ㄟ^水利部門、法律援助機構、專業(yè)性機構等組織進行調解。調解程序相對簡單，費用較低，并且調解結果具有法律效力。

若調解無果，雙方當事人可以選擇仲裁或訴訟解決糾紛。仲裁是一種獨立、公正、高效的解決爭議方式，仲裁結果具有法律效力。雙方可以根據(jù)合同中的仲裁條款選擇合適的仲裁機構進行仲裁。訴訟是一種采用法院作為解決糾紛的方式，需要依法起訴并經(jīng)過相應的審理程序，由法院作出裁決。

在處理水庫合同糾紛過程中，雙方當事人應注意以下幾點。首先是保留證據(jù)，包括合同、重要文件、通信錄音、視頻、圖片等，以備日后提供。其次是妥善保管相關文件和憑證，確保能夠提供完整、準確的證據(jù)。另外，合同當事人應尊重法律程序，全面履行法定的義務和責任，遵循法律規(guī)定的程序進行處理。

綜上所述，水庫合同糾紛的處理需要雙方當事人通過友好協(xié)商、調解、仲裁或訴訟等方式來解決。在處理過程中，應注重維護合法權益，遵守法律程序，保留證據(jù)，以爭取最有利的解決方案。