運輸合同糾紛的管轄可以通過以下幾種方式進行約定：

1. 雙方約定管轄法院：雙方當(dāng)事人在合同中可以明確約定管轄權(quán)歸屬于特定的法院，當(dāng)發(fā)生糾紛時，雙方必須向該法院提起訴訟，以解決爭議。

2. 納入仲裁條款：雙方可以在合同中約定將糾紛提交仲裁機構(gòu)進行調(diào)解或裁決。這種方法相對于訴訟程序來說，可以更加迅速、高效地解決糾紛，并且仲裁裁決具有強制執(zhí)行力，可以減少爭議的時間和成本。

3. 按照法律規(guī)定的管轄地：根據(jù)相關(guān)法律規(guī)定，一般情況下，運輸合同的爭議可以提交給合同簽訂地、履行地或被告住所地的法院審理。具體的管轄規(guī)定應(yīng)根據(jù)當(dāng)?shù)氐乃痉C構(gòu)和法律法規(guī)進行判斷。

4. 提交國際法院管轄：如果運輸合同涉及跨國運輸或國際運輸，雙方可以約定將糾紛提交給國際法院、國際仲裁機構(gòu)或國際商事法庭進行處理。這樣可以更好地保障國際貿(mào)易的順利進行，增加合同履行的可預(yù)測性和穩(wěn)定性。

需要注意的是，在約定管轄權(quán)時，應(yīng)確保該約定不違反相關(guān)法律法規(guī)的規(guī)定，否則可能導(dǎo)致其無效或不可執(zhí)行。此外，在具體約定管轄權(quán)的過程中，應(yīng)充分考慮到爭議解決的成本、效率、公正性等因素，以便雙方在發(fā)生糾紛時能夠獲得公平、合理的解決方式。