仲裁合同糾紛案件是指由仲裁機構依據(jù)雙方當事人自愿選擇并達成的仲裁協(xié)議，對合同履行過程中發(fā)生的糾紛進行處理和解決。

首先，雙方當事人需要在合同中約定仲裁條款，明確將可能發(fā)生的糾紛提交給仲裁機構進行處理，這是解決合同糾紛的前提。

其次，當糾紛出現(xiàn)時，雙方當事人應及時選擇合適的仲裁機構進行仲裁。選擇仲裁機構時，需要考慮其專業(yè)性、公正性和法律合規(guī)性等因素，確保能夠得到公正的仲裁結果。

在仲裁過程中，雙方當事人需要提交相關證據(jù)和辯護意見，以支持自己的主張和訴訟請求。一般來說，仲裁機構會制定一定的證據(jù)提交時限和程序，包括調解、聽證等環(huán)節(jié)，雙方當事人應積極配合完成。

仲裁庭在法官或專業(yè)仲裁員的主持下，依法審理糾紛案件，公正、獨立地進行仲裁并作出仲裁裁決。仲裁裁決具有法律效力，雙方當事人應按照仲裁裁決的結果履行自己的義務。

在仲裁過程中，雙方當事人可選擇律師代理自己的權益，律師將在糾紛解決的全過程中提供法律幫助和指導，協(xié)助當事人維護自己的權益。

最后，相關行政機關應對仲裁裁決結果進行強制執(zhí)行，確保仲裁的公正性和權威性，保障當事人的權益得到有效保障和實現(xiàn)。

需要注意的是，仲裁的目的是通過達成和解，解決糾紛問題，對于一些復雜的糾紛可能需要一定的時間和費用，因此，雙方當事人在選擇仲裁的同時也應考慮到案件的復雜程度和解決效率，綜合選擇最適合的解決方式。