施工合同糾紛在法院的收費是根據(jù)《中華人民共和國民事訴訟法》和相關(guān)的司法解釋規(guī)定的。根據(jù)相關(guān)規(guī)定，施工合同糾紛案件的收費包括案件受理費、審判費和執(zhí)行費。

首先，案件受理費是指將案件納入法院審理的費用。根據(jù)《中華人民共和國民事訴訟費用交納辦法》規(guī)定，案件受理費是從案件受理之日起計算的，金額根據(jù)案件的爭議金額確定。對于施工合同糾紛案件，爭議金額較大的案件收取的受理費也相對較高。具體收費標準可以參照《最高人民法院關(guān)于調(diào)整民事、刑事、行政、國家賠償及執(zhí)行費用標準的決定》進行計算。

其次，審判費是指從立案到審判終結(jié)過程中產(chǎn)生的各項費用。具體包括裁判文書復印費、訴訟代理人費用、鑒定費等。施工合同糾紛案件通常需要鑒定工程質(zhì)量等方面的問題，因此鑒定費用也會成為審判費用的一部分。

最后，執(zhí)行費是指執(zhí)行法院的判決或裁定所需要的費用。執(zhí)行費的金額根據(jù)執(zhí)行申請的案件的執(zhí)行標的金額計算，并根據(jù)《中華人民共和國執(zhí)行費用交納辦法》進行收費。執(zhí)行費主要包括執(zhí)行公證費、執(zhí)行裁定送達費等。

需要注意的是，施工合同糾紛案件的收費并不是固定的，而是根據(jù)案件的具體情況和爭議金額進行計算的。因此，具體的收費金額需要具體問題具體分析。為了保障當事人的權(quán)益，法院在收費過程中會根據(jù)法律規(guī)定和司法解釋合理進行收費，確保費用的合理性、公平性。

總的來說，施工合同糾紛案件在法院的收費是按照一定的規(guī)定進行計算的，其中包括案件受理費、審判費和執(zhí)行費。具體的收費標準根據(jù)相關(guān)法律法規(guī)和司法解釋進行計算，保障當事人的權(quán)益，確保費用的合理性和公平性。