根據(jù)中國的相關(guān)法律法規(guī)，違章建筑是指在法律、法規(guī)或建設(shè)項目審批許可范圍之外、超出許可范圍或不符合規(guī)定的建筑行為。一般來說，違章建筑是不合法的，也不應(yīng)該存在。

然而，在實際操作中，一些地方存在著一些特殊情況，使得違章建筑得以存在。這些特殊情況包括歷史原因、城市規(guī)劃、政府政策調(diào)整等。例如，一些歷史悠久的老建筑可能已經(jīng)被違章建筑包圍，而政府為了保護(hù)歷史文化遺產(chǎn)，可能會對這些違章建筑進(jìn)行一定的保留或合法化處理。此外，一些農(nóng)村地區(qū)由于歷史原因等也可能容忍一定程度的違章行為。

然而，對于樓上的違章建筑合法性進(jìn)行評判，還需要具體情況具體分析。一般來說，違章建筑的種菜行為并不被認(rèn)可，因為違章建筑違背了法律、法規(guī)和規(guī)劃的規(guī)定，不具備合法的使用權(quán)。種菜行為涉及到農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和土地使用等問題，通常需要符合相應(yīng)的土地使用規(guī)劃和農(nóng)業(yè)生產(chǎn)管理規(guī)定。而違章建筑由于其非法性質(zhì)，往往沒有獲得相應(yīng)的土地使用權(quán)，因此種菜行為可能會被認(rèn)定為非法。

總之，違章建筑是不合法的，不應(yīng)該存在。對于樓上違章建筑的種菜行為，一般而言是不合法的。然而，具體情況還需要根據(jù)當(dāng)?shù)胤煞ㄒ?guī)和土地管理政策進(jìn)行具體分析，以確定其合法性。最好的方式是咨詢相關(guān)法律專業(yè)人士，以獲得確切的法律解釋和建議。