拆遷公司在進(jìn)行拆遷工作時，根據(jù)拆遷法的規(guī)定，必須對被拆遷的商鋪和廠房進(jìn)行合理的賠償。一般來說，拆遷公司會根據(jù)不同的情況和具體的政策規(guī)定，對被拆遷的商鋪和廠房進(jìn)行評估，并進(jìn)行合理的賠償。

首先，拆遷公司會派遣專業(yè)評估師對被拆遷的商鋪和廠房進(jìn)行評估。評估師會綜合考慮商鋪和廠房的市場價格、房齡、使用年限等因素來確定補(bǔ)償標(biāo)準(zhǔn)。一般來說，拆遷公司會按照市場價格的一定比例給予賠償，在評估的過程中會考慮商業(yè)地段的地價、租金以及同類房屋的市場價格等因素。

其次，拆遷公司還會對商鋪和廠房的設(shè)備、設(shè)施等進(jìn)行評估，并按照實際價值進(jìn)行補(bǔ)償。如果商鋪和廠房內(nèi)存在有價值的設(shè)備、設(shè)施、裝修等，拆遷公司會按照其實際價值進(jìn)行補(bǔ)償，確保被拆遷方在新的地點能夠重新購買相應(yīng)的設(shè)備。

此外，在一些特殊的情況下，拆遷公司還會根據(jù)被拆遷方的實際損失情況給予適當(dāng)?shù)难a(bǔ)償。例如，對于已經(jīng)支付了商業(yè)租金的商鋪和廠房，拆遷公司會根據(jù)實際損失進(jìn)行補(bǔ)償，包括已經(jīng)支付的租金以及可能因遷移帶來的額外費(fèi)用。

總之，拆遷公司在進(jìn)行商鋪和廠房的拆遷時，會依法進(jìn)行合理的賠償。具體的賠償方式和標(biāo)準(zhǔn)會根據(jù)當(dāng)?shù)氐恼咭?guī)定和評估結(jié)果來確定，并確保被拆遷方的合法權(quán)益得到保障。