當(dāng)發(fā)現(xiàn)違建房屋的證件不全時(shí)，補(bǔ)償?shù)姆绞叫枰鶕?jù)不同的具體情況來確定。以下是可能的補(bǔ)償方式：

1. 補(bǔ)齊相關(guān)證件：首先需要趕緊補(bǔ)辦相關(guān)的證件，包括建筑許可證、施工許可證、用地證、規(guī)劃許可證等?？梢月?lián)系相關(guān)政府部門了解具體的補(bǔ)證程序，按照要求提交相關(guān)資料進(jìn)行辦理。

2. 支付罰款：根據(jù)違建的具體情況和相關(guān)法規(guī)，當(dāng)違建房屋的證件不全時(shí)，可能需要支付一定的罰款作為補(bǔ)償。罰款的金額會根據(jù)違建的程度以及相關(guān)政策法規(guī)而定，具體數(shù)額可以向相關(guān)政府部門咨詢或查詢相關(guān)法規(guī)。

3. 拆除重建：有些情況下，由于違建程度較重或相關(guān)證件無法補(bǔ)齊，政府可能會要求拆除違建房屋，并要求重新依法申請辦理相關(guān)證件，合規(guī)重建房屋。這樣的補(bǔ)償方式可能會導(dǎo)致額外的成本支出。

4. 合理安置：對于因拆除違建房屋而造成的居民生活受到影響的情況，政府可能會提供合理的安置安排，如提供臨時(shí)住房安置或給予經(jīng)濟(jì)補(bǔ)償?shù)?。具體的安置方式會視情況而定，也可以根據(jù)與政府的協(xié)商達(dá)成共識。

需要注意的是，具體的補(bǔ)償方式會受到國家法律法規(guī)以及地方政府政策的影響，因此在處理違建證件不全問題時(shí)，建議與相關(guān)政府部門進(jìn)行溝通和協(xié)商，了解具體的補(bǔ)償規(guī)定，以便合理補(bǔ)償并避免進(jìn)一步的法律糾紛。