當發(fā)現(xiàn)違建房屋的證件不全時，補償?shù)姆绞叫枰鶕?jù)不同的具體情況來確定。以下是可能的補償方式：

1. 補齊相關證件：首先需要趕緊補辦相關的證件，包括建筑許可證、施工許可證、用地證、規(guī)劃許可證等?？梢月?lián)系相關政府部門了解具體的補證程序，按照要求提交相關資料進行辦理。

2. 支付罰款：根據(jù)違建的具體情況和相關法規(guī)，當違建房屋的證件不全時，可能需要支付一定的罰款作為補償。罰款的金額會根據(jù)違建的程度以及相關政策法規(guī)而定，具體數(shù)額可以向相關政府部門咨詢或查詢相關法規(guī)。

3. 拆除重建：有些情況下，由于違建程度較重或相關證件無法補齊，政府可能會要求拆除違建房屋，并要求重新依法申請辦理相關證件，合規(guī)重建房屋。這樣的補償方式可能會導致額外的成本支出。

4. 合理安置：對于因拆除違建房屋而造成的居民生活受到影響的情況，政府可能會提供合理的安置安排，如提供臨時住房安置或給予經(jīng)濟補償?shù)?。具體的安置方式會視情況而定，也可以根據(jù)與政府的協(xié)商達成共識。

需要注意的是，具體的補償方式會受到國家法律法規(guī)以及地方政府政策的影響，因此在處理違建證件不全問題時，建議與相關政府部門進行溝通和協(xié)商，了解具體的補償規(guī)定，以便合理補償并避免進一步的法律糾紛。