廠房合同糾紛一般應(yīng)當(dāng)由以下幾個部門處理：

1.地方人民法院：地方人民法院是處理民事糾紛的主要機構(gòu)，包括合同糾紛。當(dāng)廠房合同一方違約或者發(fā)生糾紛時，可向地方人民法院提起訴訟，通過法律手段解決糾紛。

2.工商行政管理部門：工商行政管理部門是負(fù)責(zé)監(jiān)督市場經(jīng)濟秩序的機構(gòu)，也負(fù)責(zé)登記、備案等工商行政管理事務(wù)。當(dāng)廠房合同一方存在違規(guī)行為、欺詐行為等時，可向工商行政管理部門進行投訴，要求相關(guān)部門進行調(diào)查并處理。

3.房地產(chǎn)管理部門：房地產(chǎn)管理部門負(fù)責(zé)對房地產(chǎn)市場進行監(jiān)管和管理，包括廠房合同的簽訂、備案等事項。當(dāng)廠房合同一方存在違規(guī)行為、合同內(nèi)容不合法等情況時，可向房地產(chǎn)管理部門進行投訴，要求相關(guān)部門進行處理。

4.仲裁機構(gòu)：仲裁機構(gòu)是一種非訴訟的爭議解決機構(gòu)，負(fù)責(zé)對雙方達(dá)成的仲裁協(xié)議進行仲裁，并做出裁決。當(dāng)廠房合同一方無法達(dá)成一致意見時，可向仲裁機構(gòu)提起仲裁申請，通過仲裁解決糾紛。

5.建設(shè)部門：建設(shè)部門負(fù)責(zé)建筑工程和土地使用等事項，對于廠房合同的簽訂、維權(quán)等方面有一定的監(jiān)管和管理職責(zé)。當(dāng)廠房合同涉及建筑、土地使用等問題時，可向建設(shè)部門咨詢或投訴。

以上所述的部門僅為一般情況，具體處理部門可能因地區(qū)和具體糾紛類型而有所不同。當(dāng)發(fā)生廠房合同糾紛時，建議當(dāng)事雙方首先進行協(xié)商解決，若無法協(xié)商一致，再尋求相關(guān)部門的幫助和處理。