施工合同糾紛的賠償方式主要取決于合同中約定的條款以及法律法規(guī)的規(guī)定。一般情況下，施工合同糾紛的賠償可以采取以下幾種方式：

1. 違約金賠償：根據(jù)合同約定，一方未能按時履行合同義務的，應承擔違約責任并支付違約金。違約金的數(shù)額通常是根據(jù)雙方約定的違約金標準確定的。

2. 經(jīng)濟損失賠償：對于由于合同履行過程中的錯誤、延誤等原因導致的經(jīng)濟損失，一方應承擔相應的賠償責任，包括直接的物質損失和間接的經(jīng)濟損失。

3. 責任追究賠償：若一方的違約行為給另一方造成了損害，受損害方有權要求違約方承擔相應的賠償責任，包括修復或重做工程、支付相應的補償金等。

4. 違約方全額賠償：若違約方的違約行為嚴重影響了合同的履行，并使受損害方無法實現(xiàn)合同目的，受損害方有權要求違約方全額賠償。

需要注意的是，具體的賠償方式還需根據(jù)施工合同中的具體約定來確定，同時雙方也可以協(xié)商解決糾紛。若無法協(xié)商解決，雙方可通過法律途徑解決糾紛，最終法院會根據(jù)具體情況判斷并做出相應的賠償決定。