認定工程合同糾紛案由主要需要以下步驟：

首先，要仔細審查合同內容，包括合同條款、附件、補充協(xié)議等文件，以了解雙方的權利和義務。

其次，要考察工程施工過程中的問題，包括工期延誤、施工質量不合格、變更設計等。需要調查是否有一方違約或者未履行合同約定的責任。

第三，要考慮雙方的證據材料。這些材料可以包括合同書面證據、工程施工過程記錄、現(xiàn)場勘查報告、技術鑒定報告等。通過分析這些證據，可以了解雙方是否存在違約行為。

第四，要參考相關法律法規(guī)，包括《中華人民共和國合同法》、《中華人民共和國建筑法》等。這些法律法規(guī)規(guī)定了工程合同的相關規(guī)定和雙方的權利義務，可以作為認定案由的依據。

最后，根據以上調查和分析結果，可以認定工程合同糾紛的案由?？赡艿陌赣砂ê贤`約、合同解除、索賠等。在實際操作中，還需要考慮案件的具體情況和相關法律法規(guī)規(guī)定，進行綜合判斷。