處理違建合同糾紛時，可以按照以下步驟進行：

1. 協(xié)商解決：首先，雙方應(yīng)該通過積極的協(xié)商嘗試達成解決方案，可以通過溝通、調(diào)解等方式尋求妥善的解決辦法。找出問題的根源和具體糾紛點，通過相互理解和讓步，盡量達成雙方都能接受的解決方案。

2. 尋求法律救濟：如果協(xié)商無果，可以考慮尋求法律救濟?？梢哉埪蓭熎鸩莘尚藕蛘咴V狀，向法院提起訴訟。在法律的保護下，逐步解決糾紛，維護自己的權(quán)益。法院會根據(jù)相關(guān)法律法規(guī)和合同的約定，進行審理，作出判決或者調(diào)解。

3. 保留證據(jù)：在解決糾紛的過程中，雙方都應(yīng)注意保留相關(guān)的證據(jù)，如合同、支付憑證、改建方案等。這些證據(jù)將有助于證明自己的合法權(quán)益以及違反合同的行為，對于糾紛的解決起到重要的作用。

4. 履行判決或仲裁結(jié)果：如果法院作出了判決或者仲裁結(jié)果，雙方應(yīng)遵守并按照判決結(jié)果履行相關(guān)義務(wù)。如果一方不履行義務(wù)，可以通過執(zhí)行程序強制執(zhí)行判決結(jié)果。

5. 和解或調(diào)解：在任何階段，雙方也可以隨時選擇和解或者調(diào)解，通過第三方的協(xié)助，達成雙方均可接受的解決方案。這樣可以避免訴訟過程的費用和時間成本。

總之，在處理違建合同糾紛時，既要尊重法律法規(guī)，又要充分考慮具體情況，積極尋求解決方案，以維護雙方的權(quán)益。同時，合同簽訂前應(yīng)謹慎考慮各種可能情況，明確合同條款，以減少糾紛的發(fā)生。